Sau khi bà mất, quan truyền cho quân lính đốt ngón chân bà theo thủ tục lúc bấy giờ để chắc chắn bà đã chết. Họ tẩm liệm xác bà rồi an táng tại pháp trường Bảy Mẫu[8]

Khoảng sáu tháng sau, mọi người đi tìm lại mộ của bà. Tương truyền vì có quá nhiều mộ nên không biết mộ nào là đúng. Thế rồi có người nảy sinh ý tưởng cắm một cây tre vào mỗi ngôi mộ, cây tre nào vẫn còn xanh tốt giữa trưa hè nắng nóng chính là cây tre ngôi mộ của bà. Sau một thời gian, chỉ còn duy nhất một cây còn xanh tươi, đào lên thì thấy đúng là mộ bà Anê Lê Thị Thành. Việc này được kể là một trong những phép lạ trong hồ sơ phong thánh của bà.[11] Lúc mở nắp quan tài, thân xác bà vẫn còn hồng hào y nguyên, chưa hư hại gì.[8] Năm 1881, linh mục chánh xứ Phúc Nhạc đem thi hài bà cùng bảy vị tử đạo khác về an táng tại mồ riêng.[8]

Vào ngày 2 tháng 5 năm 1909 bà được Giáo hoàng Piô X phong Chân Phước. Sau đó vào ngày 19 tháng 6 năm 1988, cùng với 116 vị Thánh Tử Đạo Việt Nam khác, Giáo hoàng Gioan Phaolô II phong bà lên bậc Hiển Thánh.[12]